El Secretariat és l’òrgan de direcció i d’execució del CJB i està integrat per representants de les diferents entitats membre. Decideix les línies polítiques principals a seguir i manté la interlocució política amb l’Ajuntament de Barcelona i altres institucions.

L’Equip Tècnic està conformat per les tècniques de projectes, la Direcció de Programes, la Direcció de Comunicació i la Gerència.

Existeixen diferents espais de participació per a les entitats membre del CJB: els grups de treball i les trobades d’entitats.

Els Grups de Treball són espais de participació estables o puntuals per treballar de manera específica cada àmbit o un projecte concret.

Per altra banda, les Trobades d’Entitats són reunions periòdiques amb representants de totes les entitats del CJB que tenen per objectiu debatre les línies estratègiques i d’actuació que ha de seguir el CJB.

Dels debats generats amb les entitats, la feina del Secretariat i de l’Equip Tècnic cada any s’elaboren tots els projectes que impulsa el CJB, recollits en 10 programes diferents que són aprovats per l’Assemblea General.